先天性心臟病的風險，主要是與患者的先心病的類型，以及每一種疾病的嚴重程度有關。如果是左向右分流的先天性心臟病，以房間隔缺損，動脈導管未閉和室間隔缺損這一類的心臟病，主要是存在著左向右的分流，但是對於其中的房間隔缺損，對患兒的影響是最小的。因為兩個心房之間的壓力相對較小，如果要是房間隔的缺損不大，有的人醫生都不需要手術，也不會帶來心功能的影響，但如果房間隔缺損大、分流量大，時間久之後也會帶著肺動脈壓力的增高。室間隔缺損如果缺損相對較大的情況，應該及早手術，如果不及早手術很容易出現先是動力型的肺動脈高壓，之後變成阻塞型的肺動脈高壓，而影響到患者的生存。右向左分流的先天性心臟病，比如法洛四聯癥，它主要是由於主動脈的歧化而出現靜脈血流到動脈出現紫紺，與它歧化的程度、室間隔缺損的大小以及肺動脈縮窄的程度都有關系。通常法洛四聯癥如果不及早手術，患者很難活過20歲。還有一些復雜的畸形，包括主動脈縮窄和肺動脈的狹窄，也會影響到患者的生存。
