應根據引起胃腸炎的病因，進行針對性的治療。首先是飲食，限制飲食對於胃腸炎急性期的患者是首要的，也是必要的。急性期應進食溫暖、清淡、好消化的流食或半流食，要註意多飲溫開水，必要時口服糖鹽水。對於出現嚴重脫水，或水電解質紊亂者，應經靜脈補充營養物質，糾正水電的失衡。如為感染所致，應在醫生指導下，合理應用抗生素。對於非感染性腹瀉嚴重者，可選擇恰當的止瀉藥。腹痛嚴重者，除外青光眼、前列腺肥大、嚴重心律失常的基礎上，可選用解痙止痛劑，如顛茄、山莨菪堿、阿托品等。對於慢性腹瀉或急性腹瀉者，可以通過調整腸道益生菌，如芽孢桿菌，雙歧桿菌等。腹瀉患者，也可以通過中醫中藥的方法治療疾病。
