如果測定的甲狀腺自身抗體，明顯高於正常范圍，就可以臨床診斷橋本甲狀腺炎。橋本甲狀腺炎是自身免疫性甲狀腺炎的一種，是由於自己的免疫系統出瞭錯誤，把甲狀腺裡甲狀腺球蛋白和甲狀腺微粒體認為是敵人，產生瞭自身免疫的反應。自身免疫反應的表現就是甲狀腺的自身抗體，抗體並不是直接破壞甲狀腺的組織，而是甲狀腺的組織由於自身免疫反應造成的凋亡，引起的甲狀腺功能逐漸出現異常。臨床診斷橋本甲狀腺炎最主要的是測定甲狀腺的自身抗體，包括甲狀腺球蛋白抗體和甲狀腺微粒體抗體。所謂的抗體結果正常值，如果輕度增高，僅僅是偏離一點正常的范圍，診斷臨床橋本甲狀腺炎可能存在疑慮，但是如果抗體滴度的高度，明顯的超過正常范圍2-3倍以上，臨床高度的考慮是橋本甲狀腺炎。橋本甲狀腺炎另外一種診斷的臨床方法，就是超聲的檢查。如果抗體的滴度正常，而且甲狀腺超聲提示彌漫性病變，也可以臨床診斷橋本甲狀腺炎。因此，抗體不高也可以是橋本甲狀腺炎。另外一種方法，做病理的檢查，病理可以發現彌漫的淋巴細胞浸潤，而濾泡結構完全被破壞，也可以診斷金標準橋本甲狀腺炎，但是臨床很少采取病理的檢查來明確橋本甲狀腺炎。因為明確診斷是橋本甲狀腺炎，也沒有針對病因的治療，因此病理檢查臨床意義不大。
