胃息肉的具體病因和發病機制尚未完全明確，但大量研究顯示，胃息肉的發生可能與幽門螺桿菌感染、長期應用質子泵抑制劑、膽汁反流、遺傳以及環境因素有關。幽門螺桿菌感染是慢性胃炎的常見原因，胃黏膜在長期慢性炎癥的刺激下，胃上皮細胞過度增生，導致息肉的形成，特別是增生性息肉和腺瘤性息肉。幽門螺桿菌感染是息肉形成過程中的重要因素，積極治療幽門螺桿菌，對胃息肉的治療具有重要的意義。長期應用質子泵抑制劑，因為質子泵抑制劑有抑制胃酸的作用，可使人體處於低胃酸狀態及胃泌素血癥，導致胃息肉，尤其是胃底腺息肉的發病率增加。膽汁反流，膽汁進入胃內可導致胃黏膜的炎性反應，大量膽汁可破壞胃內的酸性環境，從而形成胃息肉。萎縮性胃炎患者，胃黏膜上皮細胞異常增生也可發生息肉。最後年齡、遺傳及環境因素在胃息肉的形成中也有一定的作用，尤其是某些傢族遺傳性的胃息肉病。
