腎盂腎炎是泌尿系感染的一種類型，所以本質有感染的存在。藥物的選擇方面主要是要看感染的病原體到底是什麼，當然腎盂腎炎最常見的病原體還是以細菌為主，其中大腸桿菌最常見。有研究顯示80%的單純性腎盂腎炎，都是由於大腸桿菌而引起。如果在沒有藥物敏感試驗之前，經驗性選擇可以選喹諾酮類藥物，比如氧氟沙星、環丙沙星這一類藥物，還有一些病人可以選擇頭孢菌素或者是半合成的青黴素等等。引起腎盂腎炎的原因不僅僅隻有大腸桿菌，像其它的病原體，比如真菌、病毒、結核桿菌、衣原體等等，都可以導致腎盂腎炎，所以最終腎盂腎炎的藥物選擇要根據感染的病原體來決定。
