頭部囊腫可以是先天的，也可以是後天的，絕大多數頭部囊腫是先天的。先天性的頭部囊腫比較常見的是蛛網膜囊腫和表皮樣囊腫，蛛網膜囊腫是正常的蛛網膜，其內包涵有腦脊液。如果出現壓迫會引起癥狀，比如頭痛和癲癇時才需要顯微手術切除。表皮樣囊腫是胚胎發育過程中的殘留，在生長的過程中表皮細胞逐漸分泌一些內容物，讓囊腫增大，壓迫神經可以引起三叉神經痛、舌咽神經痛或者顱內壓增高。繼發性的囊腫大多數是寄生蟲引起，寄生蟲的感染引起的寄生蟲性囊腫，還有一少部分是腫瘤的囊性變。所以治療頭部囊腫首先要考慮兩個問題：第一、是先天性的還是後天性的；第二、囊腫與出現的癥狀有沒有關系，如果沒有關系，先天性的囊腫可以觀察，繼發性的囊腫多數需要手術處理。
