長期便秘會有很多的危害，最常見是消化功能的紊亂，比如患者食欲下降、腹部脹痛等等，有些重癥的便秘患者會出現消瘦、營養不良、貧血等情況。再有便秘因為大便困難，需要反復長時間地用力才能排便，所以會引發肛門直腸疾病，比如痔瘡、肛裂等情況。對於老年人的便秘，他的問題就更加復雜，因為過度地增加腹壓以及情緒的負擔加重，可能導致老年人心腦血管的意外增加，同時也增加呼吸系統的負擔，增加呼吸系統疾病的風險。此外，便秘還會引起患者的焦慮，引起情緒的異常，有很多患者出現瞭抑鬱狀態、焦慮狀態，甚至需要去就醫。一些重癥的便秘患者可以引起腸梗阻、腸穿孔，同時因為大便過多，長期蓄積在直腸裡面，會導致直腸和肛門的敏感性下降，控便能力下降。有一些患者因為重度的便秘反而表現為失禁，肛門周圍老是流出少量的大便。
