如果高危性行為感染瞭艾滋病毒，可以在頭兩周左右進行檢查，主要檢測血液中的艾滋病抗體，而艾滋病抗體的發生一般是2周到12周。如果開始選擇試驗呈陽性，應進行確診試驗，一旦確診為艾滋病毒感染，就需要盡快接受治療，以免耽誤改善疾病的最佳時間。
在接觸艾滋病高危人群三周後，應進行瞭艾滋病毒檢測，大多數感染者都能被檢測出來。但如果結果是陰性，就不能完全排除HIV感染，盡管一些學者認為，選擇第四代艾滋病檢測試劑進行檢測，但兩周的陰性可以排除HIV感染的可能性。現在中國疾病預防控制中心，疾病窗口期是高危後三個月和高危後六周，這個階段不進行系統檢查，很難確診疾病。
大多數醫生認為，艾滋病檢測後，結果為陰性，可以排除HIV感染，但初次高危接觸後再次出現高危行為的人群、服用藥物的人群和最近承受過大手術的人群，檢測過程中需要多加註意。以上這類患者可能需要在六周內被檢測出來，這種情況下最好到正規傳染醫院檢查，一般檢出率可以達到100%。
艾滋病三期可以用第三代艾滋病檢測試劑，如果在高危顯露12周後獲得陰性結果，就能排除感染的可能性。第三代艾滋病檢測試劑，也是世界各地醫院和CDC最常用的檢測試劑，它是檢測艾滋病特異性抗體。此外，艾滋病特異性抗體是人體免疫系統在接觸艾滋病毒後發生的，抗體僅在人體感染病毒時出現，可作為HIV感染的間接標志物。
臨床檢查兩周的HIV抗體檢測呈陰性，就不能排除艾滋病的感染，由於艾滋病有一個窗口期，一般以為是半年。如果兩周內HIV抗體呈陰性，應該定期進行艾滋病抗體篩查，六個月後再次呈陰性，可以排除這些行為導致艾滋病毒感染的可能性。因此，分析艾滋病三期多久可以檢測出來，是一個非常復雜的問題。
