橋本甲狀腺炎容易導致甲狀腺功能減退，一旦發生甲狀腺功能減退就需要采用甲狀腺激素替代治療。一般給予左甲狀腺素鈉片，從小劑量開始，根據甲狀腺功能逐步調整劑量，使甲狀腺功能恢復正常。如果甲狀腺功能正常，則橋本甲狀腺炎一般不需要特殊處理，定期觀察。平常生活中註意適當的低碘飲食，因為高碘飲食可以加重甲狀腺炎癥。有研究表明硒制劑可以調節免疫，有助於減緩橋本甲狀腺炎的自身免疫，但在臨床上效果不肯定橋本甲狀腺炎患者可以試用硒制劑。通常橋本甲狀腺炎如果甲狀腺功能正常一般不需要服用藥物，如果發生甲狀腺功能減退，可以給予甲狀腺激素替代治療。
