小三陽的患者有一部分可以實現自然陰轉，陰轉的幾率取決於乙肝病毒是急性感染，還是慢性感染，另外也取決於感染乙肝病毒的年齡段。如果是圍生期感染，比如母嬰傳播導致的感染，這種自然陰轉的幾率比較低，大約在10%。如果是在嬰幼兒期引起的感染，大約70%-75%可以清除乙肝病毒，達到自然陰轉。如果是成年人感染乙肝病毒，90%-95%的患者可以清除乙肝病毒，達到自然陰轉，轉為慢性的是極少數的患者。如果是慢性的乙肝病毒感染，這種情況下實現自然陰轉的幾率極為減少，大約每年有0.1%-1%的患者可以實現自然陰轉，這時小三陽實現自然陰轉的幾率非常低。如果患者需要進行抗病毒治療，通過抗病毒治療之後，有一部分患者可以實現陰轉，這是在藥物治療下達到的病情好轉或者臨床的治愈，不屬於自然陰轉。
