腸炎的治療主要分兩大類，第一個，就是針對於病原微生物的治療，比方有細菌感染，針對細菌選擇抗菌素。還有病毒感染，現在還沒有很好的，殺腸道病毒的藥物，但是可以用一些中醫中藥來治療，但很多的腸道的病毒感染有自限性，到一定的時機，就好轉瞭。除瞭針對病原，還可以針對病人的腹瀉情況給一些對癥的治療。比方可以用一些腸道益生菌，或者用一些腸道黏膜的保護劑。還有可以用一些中藥，都可以針對病人的癥狀給予治療。如果病人出現發燒的情況，還要給病人化驗血常規。如果血常規白細胞升高瞭，還可能會用一些抗菌素，甚至靜脈用一些抗生素來進行治療。如果一個腸炎的病人出現瞭合並癥，比方脫水，或者出現電解質紊亂，或者出現休克，還要針對合並癥進行治療，要根據電解質化驗的結果來維持電解質的平衡。對於脫水的病人，要進行積極的補液治療。休克病人，可能要開放靜脈，補液的速度可能要加快，這樣才能把病人合並癥去除，然後再針對腸炎進一步治療。多數的腸炎愈後還是比較好的。
