潰瘍性結腸炎的治療分為內科治療和外科治療，對於暴發型及病情嚴重的患者，如果內科治療效果不佳，則會考慮手術治療。首先內科治療的方法主要有臥床休息和全身支持治療，其中包括液體和電解質平衡的維持，尤其是鉀的補充，低血鉀應給予糾正，同時要註意蛋白質的補充，改善全身的營養狀況。如果便血很嚴重，需要行胃腸道外的營養支持，嚴重貧血的患者考慮要輸血，胃腸道攝入時應盡量避免牛奶和乳制品。藥物治療，柳氮磺吡啶是水楊酸制劑，是主要治療潰瘍性結腸炎的藥物，如艾迪莎、美沙拉嗪等，如果單用柳氮磺吡啶藥物療效欠佳，則可以加用皮質類固醇藥物，通常用強的松或者是地塞米松。免疫抑制劑在潰瘍性結腸炎患者中應用價值也尚屬可疑，中醫中藥治療腹瀉型潰瘍性結腸炎有比較好的療效，還可以采用灌腸等治療方法。如果是病情很嚴重，內科治療效果不佳，則可以考慮外科手術治療，有20%-30%的重癥潰瘍性結腸炎患者最終手術治療。手術可以選擇結直腸全切除回腸造口術，也可以選擇結腸全切除回直腸吻合術，還有控制性的回腸造口術、結直腸全切除、回腸儲袋肛管吻合術。
