對於早期剛剛出現的肛門裂口治療的主要方式是采用藥物治療的方法，藥物治療方法分兩大類：一類是經過肛門在傷口局部塗抹藥膏，這些藥膏種類非常多，目前市場上出售的比如馬應龍痔瘡膏、龍珠軟膏、肛泰軟膏，都會有一些療效，西藥藥膏裡面療效比較好的是硝酸甘油軟膏，但是這個藥目前應用遠期療效仍然有一定的爭議；除瞭這些局部用的藥膏以外，還有一些口服藥，比如保持大便通暢的藥，像杜密克、通便靈等等這些讓大便軟化、不繼續刺激傷口的藥，對於便秘的病人來說，也是應該服用的。再有就是一些對癥治療的藥，比如患者因為出現肛門裂口，肛門疼痛，有一些口服的鎮痛藥，還有進肛門給的鎮痛藥，像我們常用的消炎痛栓，這些也是可以使用的。再有就是肛門熏洗坐浴的中藥，在排便之後用中藥來熏洗，坐浴肛門，這個效果也是非常理想的。
