甲狀腺炎根據病因和病程分為急性甲狀腺炎、亞急性甲狀腺炎和慢性甲狀腺炎，根據不同的病因、不同的診斷，進行不同的治療。如果臨床診斷為急性甲狀腺炎，常見的病因是細菌感染、結核感染，因此給予抗感染治療。如果診斷為亞急性甲狀腺炎，病因目前尚沒有闡述清楚，病毒感染可能是主要的誘因，因此要抗病毒治療，同時給予非甾體類的消炎藥進行抗炎、對癥處理。若診斷為慢性甲狀腺炎，還要根據不同的發病機制，再進一步的分型，慢性甲狀腺炎常見的原因是自身免疫性的甲狀腺炎，當自身免疫性甲狀腺炎、甲狀腺功能正常時，則不需要藥物治療，僅定期隨診即可，影響到甲狀腺功能出現甲減時，則給予甲狀腺素的替代治療，因此甲狀腺炎不同的病因、不同的甲狀腺功能狀態時，治療不同。
