尖銳濕疣主要的病原體是人類乳頭瘤病毒，簡稱是HPV。它是最小的一種DNA病毒，這種病毒的顆粒直徑是50—55nm，它的分子量是50000kD，是由72個殼微粒組成的立體對稱的正十二面體。它的病毒能夠耐受幹燥，可以長期的保存。在肝油中和零下20℃的時候，至少可以存活2—5個月。用現代分子生物學技術已經可以將HPV鑒別出一百多個亞型，不同型別的HPV在不同的部位可以產生不同類型的損害，如扁平疣、尋常疣、鮑溫病和尖銳濕疣等。已經發現和尖銳濕疣有關的型別達到34個，最常見的HPV有6型、11型、16型和18型，它們與尖銳濕疣有密切的關系。人體是HPV唯一的自然宿主，HPV隻能在人體存活的組織細胞內以復制的方式進行繁殖，無法在體外的組織培養或組織細胞中成長，也不能在試驗動物中接種成長。HPV除瞭引起疣狀增生外，還具有致癌性，有許多證據表明HPV感染和宮頸癌的發生有密切的關聯。
