HLA-B27陰性的臨床意義需要根據具體情況分析，不能夠單純以好或是壞而定。對於存在持續性下腰疼痛的患者，HLA-B27陰性也不能排除強直性脊柱炎，需要進一步完善C反應蛋白、骶髂關節CT或核磁檢查輔助診斷。HLA-B27的結果不是診斷強直性脊柱炎的唯一標準，對於存在有強直性脊柱炎傢族史的人群而言，即使HLA-B27陰性也不能夠放松警惕，因為目前研究發現，HLA-B27作為一種基因，具有兩百多種不同的亞型，但受限於當前檢測水平，並不能將所有亞型均進行檢測。因此，具有強直性脊柱炎傢族史的人群仍應該警惕是否會出現持續性下腰痛，如有此類癥狀發生，應該盡早就診，明確診斷。
