甲狀腺功能下降的治療是根據不同的病因，采取不同的治療方法，如果是正在服用可能會導致或加重甲狀腺功能減退的藥物，如胺碘酮，則需要向開具這些藥物的醫生進行咨詢，權衡利弊決定是否停用引起甲狀腺功能減退的藥物。如果是碘缺乏引起的甲減，這需要補充足量的碘劑，就可以糾正碘缺乏導致的甲減。如果是不可逆的終身性甲減，藥物的治療需要補充左旋甲狀腺素，劑量取決於患者的病情、年齡、體重，以及個體的差異。老年人伴有冠狀動脈疾病或有嚴重的甲狀腺功能減退的患者，起始的用量要少，並且逐漸增加劑量。在使用藥物的時候應該註意，服用藥物過量可能會引起一些不良反應，如食欲的增加、心悸、手抖，如果出現上述癥狀就要到醫院調整劑量。還有不要隨意停止服用藥物，特別是在癥狀緩解的時候，如果漏服瞭一天的劑量，可以在第二天接著服或者服用雙倍的劑量。某些食物或藥物會影響左旋甲狀腺素片的吸收，所以跟影響左旋甲狀腺素片吸收的食物或藥物，間隔應該在四個小時以上，左旋甲狀腺素片最好每天空腹服用，服藥後一個小時再進食或服用其他的藥物。
