當患兒傢屬發現患兒存在心臟雜音，或已經超聲心動證實存在房間隔缺損，需盡早及時前往當地正規醫院進行進一步幹預治療。如果超聲心動或右心導管提示房間隔缺損較大，且存在大量的左向右分流伴有肺動脈高壓，患兒出生後發生反復的感冒、肺炎或心衰，應積極進行藥物治療，控制肺部感染和心衰後，盡早在新生兒或嬰兒期進行手術治療。如患兒就醫較晚，此時已有嚴重的肺動脈高壓，甚至心房水平出現雙向分流，但仍以左向右分流為主，或並發心衰，術前應積極降低肺動脈壓，控制心衰，為手術創造條件。部分患兒房間隔缺損較小，有研究報道，一般小於四毫米時，患兒無癥狀，沒有肺動脈高壓的征象，可嚴密觀察，待3到4歲以後再根據情況進行介入或手術治療。但如果患兒出現嚴重的肺高壓，發生逆向分流，即右向左分流，臨床有發紺或杵狀指者為手術的禁忌。
