潰瘍性結腸炎的典型癥狀是腹瀉伴有黏液膿血便，這是該病最主要的癥狀，也是判斷疾病是否處於活動期的重要依據。大便次數、便血的程度以及糞便的性質可以反映病情的輕重，輕者排便2-3次/天，很少有便血或者膿大於血，重者可多達每天十餘次，可伴有膿血或鮮血便。還有一部分患者伴有腹痛，疼痛的部位多位於左下腹，可表現為全腹部疼痛，排便的時候會疼痛緩解，病情較輕的患者可沒有腹痛或腹部稍有不適。如果發生持續性的、劇烈的腹痛，可能並發有中毒性巨結腸或者是炎癥波及到腹膜，需要及時就醫。其他的一些癥狀，可以有腹部脹滿、食欲減退、惡心、嘔吐等，重癥患者還可以伴有全身性的癥狀，如發熱、營養不良、消瘦、貧血、低蛋白血癥等，還有腸外表現，如外周關節炎、結節性紅斑、壞疽性膿皮病、虹膜炎、前葡萄膜炎，還有復發性的口腔潰瘍、骶髂關節炎、強直性脊柱炎等這些自身免疫性疾病。
