潰瘍性結腸炎的藥物治療主要目的是控制炎癥反應，其藥物主要分為三大類，具體如下：第一類，氨基水楊酸制劑，是治療潰瘍性結腸炎的最常用的藥物，也是首選藥物，主要發揮抗炎作用，適用於輕中型患者，或者是重型經糖皮質激素治療已經有緩解的維持治療階段。這一類藥物有一些不良反應，如惡心、嘔吐、食欲減退，還可以有頭痛、可逆性的男性不育等，這些不良反應主要與劑量有關，停藥以後多可緩解。第二類，糖皮質激素，對於急性發作期有較好的療效，特別適用於中重型活動期的患者，並且對氨基水楊酸制劑效果不佳的輕中型患者，也可以選用該類藥物，這一類藥物主要是通過非特異性的抗炎和抑制免疫反應發揮作用，可以口服，也可以靜脈滴註，還可以選擇灌腸或塞肛。第三類，免疫抑制劑，主要用於疾病緩解後的維持治療，對於氨基水楊酸制劑維持治療無效的，或者對於糖皮質激素產生依賴的患者，可以選擇免疫抑制劑治療，這一類藥物應用以後要註意它的副作用，包括骨髓抑制等。
