三叉神經痛的鑒別診斷分以下四類：一、如患者表現為面部像針紮、過電一樣的疼痛，需鑒別排除其他診斷。如是否有牙痛，在臨床就診中，部分患者起初會牙疼，建議先去口腔科進行就診，對癥處理後疼痛會明顯減輕。部分患者即使將健康牙齒拔除仍沒有療效，這時需引起註意，可能不是牙痛，而是三叉神經痛。二、需要鑒別顳下頜關節炎，即咀嚼食物時，耳前方的一個關節，如出現炎癥，表現為三叉神經處第一支疼痛，這時患者顏面部或耳前區域疼痛。三、需要鑒別偏頭痛。疼痛范圍超過三叉神經分佈的范圍，且疼痛發作前有先兆，如視力模糊、看東西有暗點，嚴重患者表現為惡心、嘔吐。四、需要鑒別繼發性三叉神經痛。患者可表現為顱內橋小腦角區有腫瘤侵犯三叉神經，導致三叉神經損傷，出現面部不自主的疼痛。這時需進行拍片子或CT、核磁共振等檢查，來予以明確診斷。
