反流性食管炎的危害首先是表現出燒心、反酸、食欲減退，直接影響到患者的生活。另外一個危害就是反流性食管炎治療不及時可能加重，加重的時候臨床癥狀會更明顯，有極少數進展到一定程度也可能會出現食管穿孔，甚至出現食管氣管瘺，出現食管氣管瘺的時候就可能出現氣胸，甚至危及患者的生命。但是從臨床看，這個階段的患者幾乎很少看得到，醫療水平不斷提高，生活水平提高，患者的就診的條件也在提高，所以這種情況很少會發生。當然反流性食管炎和食管癌應該說還是有一定的關系的，反反復復的食管炎性的發生，可能會刺激食管黏膜細胞的異型增生，也可能是未來發生癌變的因素之一。當然，癌癥的發生因素是復雜多樣的，不是某一個因素所決定的，跟先天的基因條件關系可能更大，後天的飲食習慣和結構也有一定的影響。
