肛瘺一旦形成自愈的機會很少，它主要有以下幾個方面的危害。第一、容易引起一些分泌物；肛門周圍會分泌一些東西，比如膿水，引起肛門周圍的潮濕，引起污褲，就是內褲污染；另外可以引起皮炎濕疹。第二、肛瘺形成之後，可以在肛門周圍形成一個腫塊，腫塊實際上就是肛瘺的瘺管，腫塊時間長之後可以引起患者的疼痛。第三、肛瘺時間長瞭之後可以向周圍蔓延和肛管深入，蔓延形成多發性的、復雜性肛瘺。第四、肛瘺時間長瞭之後可以引起肛管的直腸瘺，肛管的陰道瘺，另外可以引起膀胱瘺。第五、因為肛瘺是一種炎癥，反復刺激，久而久之可以形成癌變。
