1、來源不同：純凈水來源於各種天然水，通過各種物理化學方法等多種操作技術對其中雜質的過濾，從而達到純凈的效果，是一種人工水。而礦泉水是來源於從地下深處自然湧出的或者是經人工采集的、未受污染的地下礦水，是一種天然水。
2、礦物質含量不同：純凈水由於多種提純、過濾技術的操作，去除各種不利於人體健康的雜質和有害物質，同時，原本水中所含有的微量元素和礦物質也都流失掉瞭。而礦泉水富含對人體有益的各種微量元素和礦物質，有效補充人體所缺營養物質，有利於身體健康。
3、飲用方法不同：純凈水一般以桶裝水的形式出現，可直接飲用，或者是加熱飲用。而礦泉水因含有各種微量元素，若加熱煮沸後其營養物質會有所流失，微量元素也會失去其原本有利於人體的功效，因此說礦泉水直接飲用較好。
總的來說，天然礦泉水和純凈水區別主要體現在來源、礦物質含量和飲用方法這三個方面。
