1、斜面低溫保藏法
這是最簡單最普通的保藏方法。首先將菌種在適宜的斜面培養基（一般PDA）上培養成熟後，選擇菌絲生長粗壯，邊緣保存。一般保存溫度4～6℃，除草菇和銀耳菌種外（10～15℃），此方法對其他食用菌都適宜，一般菌種可保藏2～4個月，所以需定時移接。此法保藏雖然方便，但是保藏時間短，需經常轉管，也很容易發生衰退變異現象。因此，不能用作長期保藏，最好與其他方法結合起來保藏。另外，為瞭減少保藏期間培養基水分蒸發，瓊脂最好加到2.5%。為防止菌種在保藏過程中產酸分的積累，應加入0.2%的磷酸氫二鉀、磷酸二氫鉀等緩沖鹽類，同時，培養成熟後，最好將棉塞管口外剪平，並用礦蠟封或換以無菌木塞，這樣做也可以減少培養基水分的散失，延長保存時間。在農村如果沒有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌種換上無菌橡皮塞，並用礦燭蠟封後密閉的廣口瓶中，懸入井底保藏。
2、貯藏室保藏法
原種和栽培種一般隻在貯藏室短期保藏，貯藏室溫度0～10℃為好。室內應清潔、幹燥、無光，應經常檢查溫度和濕度，以降低其生活力，減少變異退化，防止雜菌污染，避免過早出菇。溫度越高，保存的時間越短。
