1、鹽水浸泡保存。新鮮的金針菇可將根部剪掉後，在淡鹽水中浸泡10分鐘，瀝幹後再冰箱冷藏保存，這樣可以保存一周左右。
2、真空冰箱冷藏。買回時的金針菇如果是真空包裝又不會立即食用的話，可以直接放入冰箱冷藏保存，可以保存3~4天。如果是真空包裝打開過的還剩一些金針菇需要保存，則可以用原包裝包好以後，在真空包裝表面，戳幾個小洞，以保持空氣流通。
3、散裝吸水保鮮。如果買回來的是散裝金針菇，可以把金針菇先放在紙巾上吸掉多餘水分，然後用保鮮膜包裹後放入拉鏈袋密封、冷藏保存。散裝金針菇也可以用報紙包好以後放入冰箱的保鮮櫃中保存。報紙的透氣性更好，而保鮮櫃可以防止金針菇水分過度蒸發，用此法可以保鮮1個星期左右。
4、塑膜真空包裝。塑膜真空包裝，采用聚丙烯塑料膜包裝，用高頻抽氣機密封，低溫保藏，在1℃環境中可保鮮20天，7~8℃保鮮10天。
金針菇最好是放在冰箱裡冷藏保鮮，放在外面是放不瞭多久的，很容易變色，很容易放壞，也容易滋生細菌。
