1、不同植株發生的根腐病治療方法和所用藥物不一樣，例如小麥根腐病用50%撲海因或50%菌核凈，每hm2用藥500～750g噴霧；西紅柿根腐病可用百泰（殺菌劑）1000-1500倍液加沃傢福（促生根）1000倍液灌根。
2、根腐病可以增施微生物菌肥em菌原液，改善生存環境。提高有機質含量，改善土壤結構，活化土層，抑制病蟲害原體，防治根腐病等病害。
3、而且播種前，種子可用種子重量0.3%的退菌特或種子重量0.1%的粉銹寧拌種，或用80%的402抗菌劑乳油2000倍液浸種5小時；插穗基部也可用同樣濃度藥液浸1小時後扦插，這樣能有效預防根腐病。
每種作物發生根腐病的情況會有不同，所以在進行防治時要根據實際情況作出相應措施。
