1、常溫保存
蜂巢蜜在蜂巢中能保存很長很長的時間，蜜蜂的時常替換，以及蜂蜜、蜂膠等自身又有一定的殺菌滅菌之效，在常溫中這種蜂蜜也能有一定的防腐效果，能在常溫下存放5-10天不變質。
2、冰箱保存
冰箱是生活中保存食物的最佳選擇，蜂巢蜜也一樣可以放冰箱中保存防腐，冰箱的低溫會抑制菌類的活性，延長蜂巢蜜保質期，這種保存方法能保存1-3月，放冰凍層可保存更長的時間，不經常打開甚至能保存半年左右。
3、真空保存
將蜂巢蜜用小的可抽空空氣的小盒子裝好，蓋上蓋子後用抽氣泵將其中的空氣盡量抽空，在密封存放，這種環境中含有的氧氣極少，很多菌類會受到嚴重的抑制，最大可能的延長蜂巢蜜的保質期，適合長途運輸，不開封可保存1-2年，開封後需盡快食用或冰箱保存。
