1、場地的選擇和控制。場址的選擇必須遠離普通作物大田、化工廠、醫院、垃圾場、養殖場等污染地帶，以及礦山、煤場、陶瓷等粉塵地帶，並在近2年內沒有使用過農藥。確定有機蘑菇的栽培地塊後，栽培品種、生產數量(產量)等均需嚴格控制，並在銷售時按照實際產量使用有機食品標志。
2、原料的采購。首先是菌種，不得使用轉基因菌種。其次，原材料要求，一是使用經過有機認證的原料，如經過有機認證後的小麥，其秸稈可用於有機蘑菇栽培，並需註明認證號；二是使用原生態原料，如原始森林中的樹木枝幹加工後的木屑等。再次，材料輔料類，如塑料菌袋等應使用符合有機食品要求的材料。
3、基料的配方和處理。一般可使用城鎮符合飲用水標準的自來水，自備水井時應請相關部門進行檢測，不得使用普通地下水、水庫水等。配料應根據栽培品種科學設計配方，不得任意添加化學肥料、化學藥物等。
4、發菌的管理與操作。發菌場所的處理，可采用漂白粉等進行噴灑消毒，菌袋離開地面，層架式培養。培養室應采取防蟲網、黑光燈等防治害蟲。其他操作可按常規進行。
5、出菇管理與整理。出菇棚的消毒可參考發菌室，並可在地面撒施石灰粉；菇棚內根據栽培品種及栽培模式等需要進行整理，徹底清理衛生並通風後，使用5-15%石灰上清液噴灑墻面、地面，適當通風；保濕用水應符合飲用水標準；不得使用任何違禁藥物、激素等。
而且一般鮮菇運輸可采用保溫車、周轉箱方式，車廂內不得有油污、農藥或其他化學品污染，不得與其他非有機食品共用一車。
