直腸脫垂的治療方式非常多，對於嬰幼兒時期發生的直腸脫垂，建議患者保持大便通暢，盡量避免哭鬧、負重等增加腹壓的活動。隨著時間的推移、患兒的發育，直腸脫垂就會自愈。對於成年病人發生的直腸脫垂，會根據病情選擇不同的治療方法，如直腸周圍註射硬化劑，這種微創的治療方法，以及經肛門切除脫垂的直腸，還有開腹手術，固定或者切除脫垂的直腸，來達到治療直腸脫垂。還有通過腹腔鏡輔助下，做微創的直腸脫垂手術的方法。總體來說，這個方法分為兩大類，一是保守療法，適用於嬰幼兒；還有一類是手術療法、硬化劑註射療法，適用於成年人。
