蹠疣的治療主要可以分為藥物和物理療法兩大類，藥物治療包括外用藥，可選擇水楊酸，維A酸、咪喹莫特、鬼臼毒素、幹擾素、斑蝥素等藥。其中有些藥物可能會導致用藥部位出現紅腫、水皰、疼痛，甚至糜爛等，如果癥狀嚴重應暫停使用。口服藥物常用免疫調節劑，如轉移因子以及維A酸類的藥物。經中醫的辨證論治，口服中藥也能起到一定的作用。註射藥物，可以用幹擾素、聚肌胞註射液，疣體內註射。物理療法包括液氮冷凍，治療後疣體會發生紅腫、水皰、結痂、脫落。冷凍治療，通常療程較長，一般兩周治療一次，直到疣體完全脫落為止。激光治療可選擇二氧化碳激光、脈沖染料激光等，激光治療必須在正規的醫療機構，由專業醫生操作進行，微波治療、局部熱療也可作選擇。近年有人應用光動力療法治療蹠疣，就是在疣體局部塗上光敏劑後再進行光照，也能取得不錯的治療效果。
