雙腎結石的病因一方面與患者長期有慢性的感染存在有關，另一方面很可能也與外部因素比如溫度、水質及飲食也有很大的關系，如果患者長期有慢性的感染存在，是容易得雙腎結石的原因之一。長期患痛風、甲狀旁腺功能亢進或者是長期臥床，以及一些藥物的使用比如磺胺類藥物、三聚氰胺、頭孢曲松鈉、矽酸鎂等藥物這些都會增加雙腎結石患病的概率。平時應該註意大量喝水，盡量少吃富含草酸的食物，適量的補鈣，註意高動物蛋白飲食的限制以及鈉、鹽的限制，高嘌呤食物最好也要禁止。另外，外部因素的影響主要是環境，比如說炎熱地區容易得結石，水質比較差的地區結石患病率高，整個地區如果以高動物蛋白飲食或者高脂肪飲食以及喜歡長期喝咖啡等等這些飲食習慣都會容易造成結石，而自身的因素主要是代謝異常，包括尿的酸堿度異常、高鈣血癥、高鈣尿癥、高草酸尿癥、高尿酸尿癥、胱氨酸尿癥、低枸櫞酸尿癥、低鎂尿癥等等。
