便秘的原因有很多，按病因分為功能性便秘、器質性便秘、藥物導致的便秘。功能性便秘最常見的是慢性功能性便秘、腸易激綜合征，主要是因為腸道動力障礙或排便障礙導致的便秘。器質性便秘見於多種器質性疾病，與便秘有關的器質性疾病，包括腸道本身疾病，比如結直腸腫瘤、炎癥、結核、結腸扭轉。全身性疾病，包括糖尿病、甲亢、甲減、電解質紊亂，比如低鉀或者高鈣，一些神經系統疾病，如自主神經病變、帕金森病，肌肉疾病如全身性系統性病變、淀粉樣變、系統性硬化。與便秘有關的藥物也很多，像抗膽堿藥常用來解痙止痛，抗組胺藥常用於抗過敏，還有鈣離子拮抗劑、鐵劑、鈣片、非甾體抗炎藥等，可能會在某些人身上誘發便秘。所以如果出現便秘，特別是近期出現，應該到醫院檢查，確定病因以後再進行相應的處理。
