克羅恩病的確切病因目前還不是很清楚，總體認為它是多因素作用的最終結果，包括遺傳、環境、腸道菌群以及免疫因素的參與，具體如下：1、人群中可能存在部分對克羅恩病易感的個體，比如克羅恩病的一級親屬，克羅恩病的發病率更高。2、克羅恩病的腸道菌群是失調的，患者個體對自身腸道菌群可能會發生異常的免疫反應，導致腸道損傷。3、腸黏膜免疫反應本身也可能存在異常，會引起腸道炎癥，這種異常對即使是正常腸道內的抗原，比如某些食物、藥物、微生物，也可以產生異常的免疫反應，從而導致腸道損傷。4、發現對於吸煙，以及喜歡高脂飲食的個體，克羅恩病的發病率是增高的。
