心房撲動的治療目標包括控制心室率，保持血流動力學穩定，恢復竇性心律，減少復發，以及預防血栓栓塞並發癥。對於心房撲動急性期的發作治療，目的是控制心室率，恢復竇性心律。常用的控制心室率的藥物包括洋地黃制劑、鈣離子拮抗劑，也就是地爾硫卓或者維拉帕米，還有β受體阻斷劑，緊急情況下可以應用靜脈用藥。當上述藥物效果不佳時，可以選用IC類的抗心律失常藥物，像普羅帕酮或者Ⅲ類的抗心律失常藥物，像胺碘酮或者是索他洛爾。這兩類藥物靜脈註射可以減慢心率，還有轉復心率的作用。當房撲合並預激綜合征的時候，要註意西地蘭是禁用的，可以選用普羅帕酮或者是胺碘酮，當心室率過快伴有血流動力學不穩定的時候，應當采取同步的直流電復律。對於慢性房撲的治療，首要的目標是控制心室率，使用的藥物與急性期是相同的。復律的治療應當權衡復律對於患者的病變而定。對於預防血栓栓塞並發癥的治療，房撲持續48小時以上就可能發生血栓栓塞，應當采取抗凝治療。根據血栓栓塞的風險分層可以選擇藥物，包括阿司匹林、華法林和新型的口服抗凝藥。
