新生兒的先天性心臟病的癥狀，與新生兒先天性心臟病的類型、心內的分流等情況有關系。比如孩子是左向右分流先天性心臟病，如房間隔缺損、室間隔缺損等，早期如果缺損不是很大，可能沒有明顯的癥狀。如果缺損大，可能會引起呼吸費力、多汗、喂養困難，甚至喂養嗆咳、生長發育緩慢，還容易引起感冒肺炎等表現。還有一種是右向左分流的先天性心臟病，比如法洛四聯癥、肺動脈瓣閉鎖、肺動脈瓣狹窄等，孩子會有紫紺的表現，就是手指頭、腳趾頭、口唇等表現紫紺，如果孩子大一些會有喜歡蹲著的現象。還有一類是沒有心內分流的心臟病，比如單純的主動脈弓縮窄等，這類先天性心臟病如果縮窄不嚴重可能沒有明顯的表現，所以新生兒先天性心臟病與類型、分流等有關，對應的癥狀也不同。
