腸道功能紊亂的治療方法主要是對癥治療，根據紊亂產生的癥狀是什麼，如果是以腹脹為主，跟腸道運動和感覺功能相關，可以用些調節胃腸運動、感覺功能的藥物。如果是和腸道營養吸收不好有一定關系，可以用助消化的藥物，如果腸道是氣體比較多可以用減輕腸道氣體的藥物。如果表現為便秘可以針對便秘給予治療，如果表現是腹瀉可以用治療腹瀉的藥物，如果是腹痛、便秘、腹瀉交替，主要是調節功能的藥物。很多的胃腸腸道功能紊亂的病人，精神心理因素很重要，進行心理的幹預也很重要，有些嚴重的精神心理障礙，有抑鬱和焦慮傾向的建議應該看心理醫生，給予幹預，必要的話用抗精神心理的藥物去治療。
