骶管囊腫是良性的椎管內囊腫，多數情況如果沒有癥狀不需要手術。骶管囊腫手術的危害性與患兒的年齡、囊腫大小、囊腫與神經的密切程度，以及孩子手術前神經損害的程度都密切相關。骶管囊腫的手術總體上講安全性在90%，大概有10%的患兒或者患者手術以後，有可能會出現手術的並發癥，並發癥的包括手術對骶神經的幹擾，造成神經的不完全損傷，會引起會陰區的麻木感或者有時候會有大小便的異常，甚至術後短期大小便的異常比術前的加重。這個部位因為結構比較薄，所以手術後容易出現腦脊液漏，就是腦脊液從切口或者腦脊液漏椎管以外，會引起低顱壓反應和顱內感染。總體上講，骶管囊腫手術的風險並不是很高。
