消化性潰瘍的藥物治療，包括以下幾點：第一、抑制胃酸分泌，包括組胺H2受體拮抗劑以及質子泵抑制劑，後者較為常用，可以使氫-鉀ATP酶失去活性，抑酸作用很強，可使胃內達到無酸水平。一般胃和十二指腸潰瘍，其治療療程在6-8周左右，此外質子泵抑制劑可以增強幽門螺桿菌抗生素的殺菌作用。第二、根除幽門螺桿菌，消化性潰瘍不論活動與否，都是根除幽門螺桿菌的主要指征之一。第三、保護胃黏膜，可以選擇的包括鉍劑以及弱堿性抗酸劑。弱堿性抗酸劑常用的有鋁碳酸鎂、磷酸鋁、硫糖鋁、氫氧化鋁凝膠等等，鉍劑可以與潰瘍基底面的蛋白形成蛋白B復合物，附於潰瘍表面，阻斷胃酸，而且其還可以抑制幽門螺桿菌，發揮殺菌的作用。
