亞急性甲狀腺炎治療最主要的方法是全身心的休息，亞急性甲狀腺炎是病毒感染相關性的自限性疾病。治療最主要是需要休息、全身心休息，不僅不要上班，最好臥床休息，抵抗力逐漸恢復。疾病又是自限性，絕大部分亞急性甲狀腺炎的患者都能痊愈。如果癥狀明顯，比如疼痛或者甲狀腺功能異常，需要對癥治療，緩解疼痛往往最開始使用非甾體的抗炎藥。如果2-3天不緩解，疼痛嚴重，又有發熱，使用糖皮質激素治療，糖皮質激素往往1-2天就能起效。如果使用以後療效不明顯，就要考慮診斷是否正確。如果疼痛反復，需要恢復到之前的劑量，維持兩周左右，療程往往是2-8周，偶爾時間會稍長。亞急性甲狀腺炎有可能出現甲狀腺功能過高，或者一過性的甲狀腺激素減少，癥狀往往輕微，持續時間比較短，不需要特別的治療。在亞急性甲狀腺炎病情恢復以後，需要定期的復查甲狀腺功能的狀態，以瞭解有沒有永久性的甲減。
