對於肛裂患者如果操作得當，並且應用適當的麻醉藥物，可以進行腸鏡檢查。肛裂是由肛管周圍的皮膚受到大便的反復摩擦、刺激，進而出現局部的破壞，破潰、遷延不愈便形成慢性潰瘍。肛裂主要的癥狀是疼痛、便秘，尤其是疼痛患者難以忍受，在大便結束以後仍然會有疼痛的存在，纖維結腸鏡入路是通過肛門，在進境時如果肛裂較重，會產生比較的刺激癥狀，疼痛會明顯加重。如果有必要，也可以再進行腸鏡檢查之前對肛裂進行適當的診療，待肛裂緩解以後再進行檢查，患者的不適感也會明顯減輕。如果腸鏡檢查比較緊急，在應用上的麻醉，並且保護好肛裂的基礎之上也可以進行腸鏡的檢查。
