因為兒童先天性心臟病的具體原因還不清楚，通常認為是環境因素和遺傳因素等綜合原因造成的，還沒有找到明確的致病原因，所以想徹底預防兒童先天性心臟病很困難。但是有些高危因素要註意，可能會減少先天性心臟病的發生。比如在懷孕期間要及時補充葉酸，並且在懷孕期間註意預防風疹、流行感冒等病毒感染，並且孕期不要隨便吃藥。還有就是孕婦的年齡，盡量適齡懷孕，如果是高齡產婦，先天性心臟病發生的概率就會更高。在懷孕期間盡量少接觸放射性的物質，包括盡量避免污染的環境等，對於先天性心臟病的預防有幫助。孕期盡量多吃新鮮蔬菜和水果，註意定期孕檢，像唐氏篩查等等要及時檢查等。
