幽門螺桿菌是唯一在胃內能夠存活的一種細菌，胃內的高酸環境是幽門螺桿菌生長繁殖很好的環境。檢測主要是通過排解分泌的尿素酶，以及抗體來進行檢測，臨床常用的分為侵入性和非侵入性檢查兩大類。重點介紹，其中非侵入性檢查應用較為廣泛的有血清抗體檢測和尿素呼氣試驗，血清抗體檢測是通過抽血來檢測，但不能夠反映是否是現癥感染，還是既往感染，不能指導治療。尿素呼氣試驗分為碳13和碳14這兩種同位素的檢測，其中碳13尿素呼氣試驗的沒有沒有放射性，臨床應用廣泛，數值大於4就考慮是陽性，需要根除，而且也用於根除以後復查隨訪，以觀療效。侵入性檢查常見的有內鏡下的尿素酶試驗，還有就是顯微鏡下的活組織檢查的時候，能看到幽門螺桿菌，這樣能夠明確診斷，它也是定性的檢測方式，但是由於是侵入性的，不利於用來當做治療後復查的方法。
