扁平苔蘚的治療首先要找到原因，導致扁平苔蘚的原因有幾種，首先有藥物，吃瞭藥物以後可以引起全身發展的表現，皮疹類似於扁平苔蘚，是扁苔蘚藥物引起的扁平苔蘚。如果判斷是藥物引起的，首先要停藥。還有一類是合並感染，不太常見，但是也有，比如合並丙型肝炎病毒的感染，可以引起全身泛發的比較頑固的扁平苔蘚，要做相應的病毒學檢查，如果發現要進行相應的治療。還有一類相對常見，是患者有金屬過敏，可以通過斑貼試驗來明確，有金屬過敏的同時有接觸持續的接觸金屬，比如有金屬的假牙或者身體內金屬的置入物，持續的接觸可以誘發黏膜、皮膚的或者指甲的扁平苔蘚表現。如果是金屬過敏引起來的，要做斑貼試驗明確，要把金屬的置入，比如假牙拔掉，去除原因才能夠相對好的治療。如果明確去除原因以後，治療的方法最好的藥物是糖皮質激素類的藥物，無論是外用或是口服，對扁平苔蘚的療效是最好的。有的病人顧慮糖皮質激素的副作用，也有些替代的藥物可以選擇，比如外用藥可以選擇鈣調磷酸酶抑制劑，比如他克莫司或者吡美莫司都可以，治療黏膜口腔黏膜或者皮膚的扁平苔蘚能取得一定的效果。其它的抗炎藥物也可以選，比如羥氯喹，因為扁平苔蘚是淋巴細胞的彌漫性苔蘚樣浸潤，氯喹對淋巴細胞浸潤有抑制的作用，所以羥氯喹可以作為非激素類的系統藥物，口服治療扁平苔蘚。還有其他的免疫抑制劑，嚴重的時候可以配合糖皮質激素，單獨用或者是聯合用。
