亞甲炎是自限性的疾病，有些病人不治療，隨著病程的進展，隨著自身抵抗力的增加，自己能夠康復，這是亞甲炎自限性的特點，但有些亞甲炎的病人高燒、頸部疼痛特別明顯，甲狀腺破壞的比較厲害，像這樣的病人在醫院經過檢查甲狀腺功能、甲狀腺的超聲、甲狀腺的吸碘率或者是甲狀腺的掃描，明確診斷亞急性甲狀腺炎後，伴有高燒、頸部疼痛的病人可以使用激素去治療。激素的療程不會很長，基本1-2個月左右能夠治愈。還有部分病人不要用激素，就在傢好好休息，配合非甾體消炎鎮痛藥，像芬必得、扶他林這一類藥，可以緩解疼痛，甲狀腺功能慢慢可以恢復。在亞甲炎的治療期間，2-4周一定要到醫院內分泌專科就診，詳細判斷亞甲炎的進程，是不是康復瞭，因為有些病人徹底治愈，甲狀腺功能沒受影響。還有一部分病人亞急性甲狀腺炎好瞭之後，由於甲狀腺的損害出現瞭甲減，就要補充藥物治療。還有一部分病人可能恢復的比較慢，還處在亞臨床甲亢的狀態，所以一定要到醫院認真的進行評估。
