艾滋病的核酸檢測是用來檢測血液中艾滋病病毒載量多少，對艾滋病確診感染者進行病毒核酸檢測，評估感染者體內病毒的數量，感染者需要盡快啟動抗病毒治療。醫院會給感染者每半年到一年做病毒核酸檢測，評估抗病毒治療的效果。如果抗病毒治療效果好，通常半年以後艾滋病病毒的核酸檢測就會變成陰性，也就是低於檢測下限。如果治療半年以後病毒核酸沒有轉陰，要考慮耐藥的可能性。如果有條件需要做艾滋病病毒的耐藥檢測，並且根據耐藥檢測結果選擇敏感的抗病毒藥物。還有一種可能性就是艾滋病病毒已經得到控制瞭，但是後期由於沒有規律用藥等原因或者重復感染，而恰好又感染瞭一種耐藥的病毒株，有可能在核酸轉陰以後又出現瞭核酸陽性的情況，也要評估可能是治療失敗瞭，需要做耐藥檢測，並且根據耐藥檢測結果選擇合適的抗病毒藥物。病毒核酸檢測轉陰以後超過半年的，可以認為血液中的傳染性已經非常弱瞭。
