慢性腎炎的預後受到許多因素的影響。影響慢性腎炎預後的因素有病理因素，包括病理類型，比如輕度系膜增生性腎炎的預後就良好，重癥的系膜增生性腎炎及膜增生性腎炎、局灶節段性腎小球硬化的預後相對較差，膜性腎病預後較好，進展相對緩慢。此外還有慢性化指標，如纖維性新月體的數量、腎小球硬化的數目、間質纖維化的程度以及腎小管萎縮的多少，都與預後相關。上述指標越多，則預後越差。腎內血管疾病病變嚴重者，預後較差。臨床表現有持續性存在的大量蛋白尿和持續性血尿者，腎功能惡化相對的較快，血壓高且無法控制者以及腎功能減退者，預後相對較差。腎小管間質損害的征象，如腎性貧血、夜尿增多、腎小管酸中毒等明顯者，預後相對較差。此外，高蛋白飲食也可加速慢性腎炎病情的發展。
