衣原體目前已知的有20多種，與人類有關的有肺炎衣原體、沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體。肺炎衣原體感染早期通常表現為上呼吸道感染癥狀，臨床表現為發熱、寒戰、肌痛、幹咳、胸痛、頭痛、乏力，偶爾還會有咯血，發生咽喉炎者還會表現為咽喉痛、聲音嘶啞等。肺炎衣原體感染也可伴有肺外的表現，比如說中耳炎、關節炎、甲狀腺炎、腦炎等，沙眼衣原體感染主要表現為眼睛異物感、怕光、流淚、眼睛癢、結膜充血、眼瞼紅腫等。沙眼衣原體還可以引起泌尿生殖道的感染，嚴重的可以並發附睪炎、不孕或者異位妊娠。鸚鵡熱以畏寒、發熱、頭痛以及明顯的肌痛為常見，還可以有惡心、嘔吐等消化道癥狀。
