腦膜炎治療不徹底會出現相關的後遺癥，像結核性腦膜炎，治療得越晚，病死率越高，年齡越小腦膜炎並發癥進展越快，越嚴重，病死率也是越高的，劑量不足、方法治療不當，都可以使病情遷延，容易出現並發癥。化膿性腦膜炎常容易並發硬膜下積液、腦室管膜炎、腦積水，死亡率同病原菌的種類、患兒的年齡以及腦積液中的細菌量有關，10%-20%的化膿性腦膜炎患兒是有後遺癥的，會有聽力的喪失、智力的倒退、反復的驚厥，語言能力的延遲、視力障礙、行為的異常。病毒性腦膜炎大多數在2-3周，患者可以完全恢復正常，病毒性腦膜炎不良預後與病變的嚴重程度，同病毒的種類是有關系的。患兒年齡小於兩歲的嬰幼兒病毒性腦膜炎預後相對比較差，病情重。全腦彌漫性的腦炎病情預後差，常遺留有智力運動發育障礙、心理行為的異常、視力或者聽力的殘疾。
