慢性結腸炎並不是一種確切的疾病，它可以包括腸功能紊亂所引起的腹痛、腹瀉，也可以包括器質性疾病，如潰瘍性結腸炎，所以由於病因、臨床疾病的不同，所用的藥物也不同。如果是功能性的，如腹痛、腹瀉，往往是對癥處理，如果腹痛時可以給予解痙藥，如匹維溴銨，腹瀉時也可以給予止瀉藥，如蒙脫石散，同時可以給予腸道的益生菌來維持腸道的微生態環境，對慢性腹瀉也是有好處的。如果是器質性的疾病，比如潰瘍性結腸炎，在這種情況下，它的藥物治療應該根據病情的嚴重程度以及疾病的急性期、緩解期用藥是不同的。往往在急性期可以用美沙拉嗪，嚴重的患者甚至需要糖皮質激素、生物制劑的幹預，對緩解期同樣需要美沙拉嗪的緩解，必要的時候也需要生物制劑的持續治療，才能誘導緩解，維持治療。
